Di program kesehatan, Dompet Dhuafa mendirikan berbagai lembaga kesehatan. Tujuannya untuk melayani seluruh mustahik dengan sistem yang mudah dan terintegrasi. Program Layanan Kesehatan Cuma-Cuma (LKC) memberikan kemudahan bagi para kaum dhuafa untuk memperoleh pengobatan secara gratis.

Selain itu juga ada layanan Rumah Sakit Terpadu (RST) diberbagai wilayah untuk memperluas pelayanan kesehatan khususnya untuk masyarakat dhuafa. Ikhtiar memberikan pelayanan terbaik dengan kualitas sarana prasarana serta tenaga medis terbaik selalu dilakukan. Untuk memperluas pelayanan hingga ke daerah-daerah hadirlah layanan Ambulans 24 Hours yang berfungsi menjemput pasien maupun jenazah dari rumah ke rumah sakit hingga ke pemulasaran.

Beragam intervensi di bidang kesahatan hadir dan selalu diperbaharui menyesuaikan kebutuhan serta permasalahan kesehatan di tengah-tengah masyarakat. Intervensi bidang kesehatan yang diberikan bersifat preventif, promotif, dan kuratif.